Ενώ η στεριανή Ελλάδα πέφτει στα χέρια των Τούρκων, στη
Σκιάθο θα κυριαρχήσουν οι Βενετοί ως το 1538 όταν και το
νησί κατελήφθη οριστικά από τους Οθωμανούς: ο Τούρκος
κουρσάρος-αρχιναύαρχος Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσσα
εκμεταλλευόμενος τη διάθεση κάποιων προκρίτων και
κατοίκων του Κάστρου εναντίον των Βενετών, θα κυριέψει το
Κάστρο ύστερα από πολιορκία 6 ημερών, οριοθετώντας τους
σχεδόν 3 αιώνες της Τουρκοκρατίας στο νησί.
Η τουρκική κυριαρχία λοιπόν ξεκινά στη Σκιάθο το 1538, αν και επισήμως αυτό γίνεται το 1540 όταν υπεγράφη η Ενετοτουρκική ειρήνη με την οποία το νησί (όπως και τα άλλα νησιά του Αιγαίου) έπεσε στους Τούρκους και τον Καπουδάν Πασά, Ναύαρχο του τουρκικού στόλου. Από την οριστική εγκατάσταση των Οθωμανών το 1538 και μέχρι την απελευθέρωση, τη διοίκηση του νησιού είχε ο Βοεβόδας με τη συμμετοχή δημογερόντων ή προεστών οι οποίοι εκλέγονταν κάθε χρόνο με ψηφοφορία μεταξύ των σπουδαιοτέρων πολιτών του Κάστρου σε συνάθροιση στην Εκκλησία του Χριστού και ήταν στην αρχή ένας ή δύο κι έπειτα περισσότεροι. Κάθε χρόνο οι κάτοικοι πλήρωναν χρηματικό ποσό ως φόρο, το χαράτσι. Στο νησί υπήρχε επίσης Καδής για τις δικαστικές υποθέσεις, αγάς για τις διοικητικές, ζαμπίτης για τη φορολογία. Οι Σκιαθίτες όπως και όλοι οι νησιώτες γενικά, ήταν υποχρεωμένοι να υπηρετούν για κάποιο διάστημα στον τουρκικό στόλο. Αργότερα η υποχρεωτική αυτή θητεία μετατράπηκε σε χρηματική εισφορά, τα «μελαχικά». Στα προεπαναστατικά χρόνια όμως η ναυτολογία ξαναήρθε.
Το 1576 η Σκιάθος και η Σκόπελος είχαν 1 επίσκοπο, 50-70 ιερείς και 2.000 σπίτια. Το 1660 ο ενετός ναύαρχος Φραγκίσκος Μοροζίνης καταλαμβάνει το Κάστρο και επαναφέρει για τρίτη και τελευταία φορά την Ενετική κυριαρχία. Οι Τούρκοι όμως, επανέρχονται πολύ σύντομα συνεχίζοντας την κυριαρχία τους στο νησί μέχρι την έναρξη της Ελληνικής επανάστασης.
Με το πέρασμα των χρόνων οι Τούρκοι που ζούσαν στη Σκιάθο λιγόστευσαν.
Το αξίωμα του Βοεβόδα εξαγοράζονταν από τους ντόπιους, οι άλλες δε τουρκικές αρχές τις περισσότερες φορές δεν υπήρχαν στο νησί κι οι υπηρεσίες τους εκτελούνταν από τους δημογέροντες που έτσι,σ ιγά-σιγά, απέκτησαν περισσότερα δικαιώματα.
Οι κάτοικοι όμως εξακολουθούν να υποφέρουν από την πειρατεία που δεν έπαψε ούτε τα χρόνια αυτά.
Υπό την καθοδήγηση του δημογέροντα Αλέξανδρου Λογοθέτη, προπάππου του Παπαδιαμάντη αλλά και του Σκιαθίτη διδάσκαλου του γένους Επιφάνειου Δημητριάδη, μπαίνουν και επίσημα στον αγώνα στην Επανάσταση. Μάλιστα, Ενα γεγονός με μεγάλη σημασία για το νησί και όλη την Ελλάδα είναι ότι η πρώτη Ελληνική σημαία με άσπρο σταυρό σε γαλάζιο φόντο δημιουργήθηκε το 1807 στην Ιερά Μονή του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου της Σκιάθου.